古代，一椭圆形金属物体突然从天而降，砸中了海面上行驶的一艘海盗船，受创的海盗船艰难驶回港湾，大怒的海盗头子黄灿命手无论如何都要砸开这个坏了他战船的金属物体！铁锤、炸药一番猛烈攻击，这个金属物体居然发出了强烈的能量波，最后，疑似来自外星的变异者杀死了海盗，并占用了海盗头子和其女人的身躯，开始寻找刺杀避难到地球的变异者公主。

原来，从远古开始，外星人就一直有在中国大陆活动，因与外星生物接触属于国家高度机密，大多数人并不得知，只有《拾遗记》、《资治通鉴》等书籍有过少数相关传说记载，他们把外星人及其飞船统称为“帽妖”。随着帽妖出现，古代统治者便建立了一个特殊而神秘的组织“帽妖司”，这个组织只有国家最高统治者才知晓，它的任务就是监督、处理疑似外星人在地球的所有活动，其中的执法者，是身穿特殊金色盔甲的金甲捕快！疑似外星变异者的追杀行动，终引出了隐藏已久的金甲捕快。

因帽妖司制定了各种法令，并且处理事件及时过段，所以百年间并无大事。可帽妖司第一捕快贾捕快却发现，近来时有古怪案件发生，犯案者正巧疑似外星来者，令他非常担忧。终于，在教坊司贾捕快找到了外星变异者，正待捉拿时，不料驱魔人东方剑南突然前来捉妖，爱财如命的东方剑南搅乱了占据，外星变异者乘机逃走，无奈，贾捕快打晕了东方剑南，最终除掉了外星变异者。

回到教坊司，贾捕快用记忆消除丹消除了在场人的记忆，并谎称是东方剑南除妖成功。可没想到，记忆消除丹好像对东方剑南起的作用不大，再次相遇时，他居然能记得些许片段，并与贾捕快纠缠不清。此时正好传来消息，发现了别的外星变异者，并在海边杀害了数名海盗，贾捕快没有时间再与东方剑南纠缠，对他再次用了记忆消除丹后，急忙赶往海边查案。

海盗的尸骨已经风干，但椭圆的金属飞船还在，蛛丝马迹显示，作案者正是外星变异者。可贾捕快没料到，昏迷的东方剑南居然被人装进棺材也送到了海边，又是一番纠缠，让贾捕快深深意识到，这个看似疯癫的东方剑南，竟然与外星变异者有着千丝万缕的联系，而与自己的几次相遇也绝非偶然。

经过查访贾捕快得知，当年外星变异者星球发生叛乱，变异者首领见不能阻挡叛军，便让怀孕的妻子带着变异者圣物权刃避难到地球。后变异者王妃产下一女爱娜，为防止叛军前来夺刃，便将权刃改造后藏于道观，而她们一直在暗中保护。后道观长老将权刃传给了徒弟东方剑南，变异者王妃过世后，公主爱娜成了东方剑南的保护者。叛军追杀而来，爱娜已有察觉，她做了一个胆大的决定，想把东方剑南引荐到帽妖司，一则靠帽妖司力量抵御追杀叛军，另则给东方剑南和权刃找到最佳去处。

变异者叛首迫近，爱娜决定把一切告知东方剑南。早已对爱娜动心的东方剑南终于幡然醒悟，他这次意识到变异者叛军的危险，自己决不能让它们毁灭这个世界！东方剑南誓死要与变异者叛首一战，可爱娜却暗自对他做了手脚，将东方剑南迷晕后送到了帽妖司，她决定自己阻挡变异者叛首，给帽妖司争取更多的时间以便击杀变异者叛首。

得知前因后果的贾捕快，无奈接纳了东方剑南，可他能否成为一名金甲捕快，还需考验。两人急去救爱娜，没想到变异者叛首先到一步，爱娜部下已多数被杀，贾捕快被变异者叛首部下缠住，东方剑南不得不自己去营救爱娜。

正当爱娜岌岌可危时，东方剑南赶到，可他的驱魔术对外星变异者并不管用，缠斗中东方剑南和爱娜双双负伤，为了救东方剑南，爱娜挡住了变异者叛首的武器……

贾捕快终于赶到，可爱娜已死。贾捕快大战变异者叛首，可他也不是敌手，为难之际东方剑南终于掌握了权刃的力量，并且东方剑南的驱魔术又融入其中，终于，东方剑南和贾捕快联手杀掉了变异者叛首。

为完成爱娜的心愿，东方剑南决意无论如何都要加入帽妖司，经过不断努力，原本玩世不恭、爱财如命的他，终于明白了金甲捕快的使命和意义！而他最终也通过审核，成为了帽妖司金甲捕快的一员！