隋唐乱世之后，李唐王室夺得天下，百废待兴。虽大局已定龙脉初生，但常常出现玄幻之事。

为求人间安定，百姓安康，贞观初年，唐皇命秦叔宝等将设立“玄机处”，专司处理玄幻之事。而此刻，一片染血的龙鳞，使得朝堂内外，风雨飘摇。

大理寺卿崔冲奉命押送一密封木箱前往马陵坡，途中除随队的御龙卫云龙意外幸免以外，全员遇袭身亡。醒转的云龙在众弟兄尸首处只发现了木箱碎片与一片带血的龙鳞。云龙回京向唐皇复命禀奏，却得到唐皇“未曾下旨”让崔冲等人办事的话语，云龙如遭雷击。正当云龙百般疑惑之时，秦叔宝恰好也来觐见，秦叔宝告知云龙不得再过问此事，就此罢手。

云龙怎能轻言放弃，同袍兄弟皆死于非命，看着眼前染血的龙鳞，当下便决定再探马陵坡。谁想在路上遭遇幻术看到了妖物水兽袭击行商，云龙拔刀相助，不料此妖凶猛，云龙反被其追击，危难时刻云龙被御龙卫同僚飞凤、炎熊二将出手相救。云龙想要继续前往马陵坡，却被二将押至御龙卫秦叔宝堂前。秦叔宝知其抗命有因，没有过多为难他，再加上云龙呈上龙鳞表明决心，不想让袍泽兄弟枉死一场。秦叔宝这才告诉云龙真相：原来箱中之物乃是泾河龙王之头，当初唐皇答应保住龙王一命，却被重臣魏征梦中斩龙，龙头从天而降，并且向唐皇索命。唐皇下令秘密处理此事，将龙头送出，却被神秘人劫走，此事非同小可。秦叔宝见云龙决心依旧，便下令让云龙加入此事的调查。

与此同时，另一股势力也正蠢蠢欲动。宇文成都秘密安插手下忍无双和司马翎在暗中行动。是日，云龙、飞凤和炎熊一行三人去茶楼打探消息，却遭遇说书人妄议当朝皇帝散布谣言，云龙上前阻挠却因无法自证大理寺护卫的身份而被百姓轰赶，就在此刻，在一旁暗中窥伺的司马翎上前来为其解围，终于，三人顺利离场。

云龙三人回玄机处将茶馆的经历汇报给秦叔宝，秦叔宝下令让他们将可疑的说书人带回来审问。当夜，云龙又回到茶馆，正要捉拿说书人之际，幻术所产生的水妖从黑暗中突然出现朝他扑面而来，一番缠斗，云龙解决了水怪，而这一切，都被暗处的忍无双看在了眼里。

皇帝听闻御龙卫遇袭，特派刘公公前来玄机处召秦叔宝进宫。正当皇帝与秦叔宝商量之际，司马翎突然出现在御书房，皇帝告知秦叔宝他就是妙幻天师，并将他引荐至玄机处协助秦叔宝破案。秦叔宝将司马翎带回玄机处，云龙一眼认出此人便是当日茶馆出现的神秘人，并且对他的天师身份深表怀疑。

为了对付水妖幻术，秦叔宝决定派炎熊去取破幻珠，云龙担心炎熊一人搞不定，于是说服飞凤一起暗中跟随，不料，司马翎也在暗中知晓了这一切。果然途中炎熊遇袭，尾随而来的云龙和飞凤上前加入搏斗却先后被击倒。云龙醒来后发现自己和飞凤被绑在囚车里无法脱身。正当云龙借助天云箭摆脱黑衣人之时，忍无双突然出现又再困住了二人，危难之际炎熊及时赶来一斧子劈开牢笼救出二人。

云龙一行三人顺利在尉迟将军处借到可以破解幻术的破幻珠。炎熊借口秦叔宝要前来汇合将云龙和飞凤引到一片废墟。等待的过程中，炎熊提出让云龙拿出破幻珠来看看，云龙不答应，炎熊就突然出手发起攻击，飞凤云龙最终合力将其击退，幻化出的真身竟然是妙幻天师司马翎。三人就此陷入混战，关键时刻秦叔宝也出现加入了斗争，混乱中破幻珠最终还是落到了司马翎手中。幸亏云龙一早料到司马翎与遇袭当晚黑衣人身上可能是一人，事先将真的破幻珠藏好，司马翎抢走的是已经掉包的咸鹅蛋。

宇文成都看到司马翎带来掉包后的假破幻珠——咸鹅蛋勃然大怒。正当宇文成都想以炎熊作为人质来要挟交换破幻珠的时候，秦叔宝带御龙卫赶到。经过一番激战，宇文成都使出浑身解数抢到破幻珠并放入祭坛内，霎时间用幻术将泾河龙王复生为幻象，原来宇文成都真正的目的是为了业龙复生后寻找皇帝复仇拖住秦琼与尉迟恭，从而好调虎离山毁掉大唐龙脉，大唐国运就此可以开始衰败，从而让江山易主。

业龙来袭，却因无法通过云龙和尉迟恭二人的将军阵法陷入僵持。泾河龙王一度试图击破二位将军的画像法阵不料二位将军画像附有玄天煞气，无法攻破。正当宇文成都拿出破幻珠收了龙王之际，司马翎从背后刺杀宇文成都，不料反被宇文成都反杀。于是，尉迟恭、秦叔宝和云龙三人趁机合力击杀了宇文成都。皇帝出现启动了玄机仪，一切回到了正轨，天空黑夜散去，曙光绽放。因秦琼与尉迟恭护驾有功，便赐封二位为左右门神。