小警察李秘生活在1936年的日占旅顺，经过5年来的驯化，李秘已经学会了在夹缝中明哲保身，同时破案、追踪和格斗的技巧也学的不赖。但当他真的见到被日本宪兵队追捕的抗联战士时，却不由自主地选择了偷偷放走，这却给他带来了杀身之祸，他与追杀他的日本军官被炸晕，当他再次醒来时，发现自己来到明朝万历年间。

李秘先后从倭寇和大明海军手中逃脱，流落到了苏州，李秘想过很多办法想要回到现实，都以失败告终，只能老老实实当个顺民，无论如何得先活下去。李秘根据以前和三教九流打交道的经验，找到了这里的牙行。牙行的老大青雀儿骗光了李秘所有的贴身财物，还想拿他当猪仔卖。李秘使出浑身解数，证明自己有用，最终也只是逃脱了被贩卖的命运，成了年仅20岁的青雀儿的小跟班。

牙行有个活计，当孝子替人哭丧，但在哭丧时李秘发现对方并不是意外而死，于是成功地查出连环杀人案。苏州推官宋知微发现李秘见解独特，在知县简定雍面前保下了李秘。李秘一番调查终于发现凶手是一位名叫张素问的女子。张素问为了阻止他调查，派贴身丫鬟谢璎珞暗杀他（其实只是吓唬）。就在李秘马上要将张素问绳之於法时，张素问却死了。谢璎珞这次是对李秘真的动了杀心，要不是青雀儿等人的保护，李秘早就死于非命。李秘再次调查发现案件没那么简单，张素问是英雄，她杀的都是倭寇安插在苏州的细作。最终真相大白，李秘隐隐觉察到不对劲，似乎有人利用了他的调查，他后悔不已，要不是他坚持调查，张素问就不会死于倭寇暗杀。

苏州城命案频发，有人看见是张素问鬼魂作案，一时间人心惶惶。谢璎珞作为张素问的贴身丫鬟，似乎知道些什么，她追着李秘赶紧调查，李秘发现，这次死的人却不是倭寇或者细作。最终案件破获，凶手是倭寇小头目浅草薰，她假借闹鬼的传闻，用张素问英雄之名杀害抗倭义士。案子虽然破了，也抓住了浅草薰，但还是没能弄明白鬼魂之事。浅草薰被抓住后，被倭寇组织抛弃。无处可归的她只能作为阶下囚跟着李秘，用情报换取活下去的权利，同时伺机找寻逃离的可能性。但在随后的日子里，被李秘和谢璎珞感化，最终明白了自己的非正义性，选择了为自己罪恶的过去赎罪，将她所知的倭寇的事情告诉李秘。

夜里，张素问的“鬼魂”推开了李秘的房门。李秘一身冷汗，却没想到谢璎珞早都知道了鬼魂的存在。鬼魂其实是是张黄庭，是张素问的双胞胎弟弟。虽是男儿身，但因为双胞胎的关系，乔装打扮后与姐姐张素问几乎一摸一样，俏丽而英俊。他因受不了姐姐的离世，悲痛欲绝，最终患上人格分裂，精神有些失常，认为自己是张素问。马王爷庙发生了命案，在谢璎珞、张黄庭、青雀儿的帮助下，李秘与官府的宋知微扳倒了盘桓在这里的匪患，拿下了马王爷庙。李秘惊喜地发现附近有浅层煤炭资源，随后问宋知微和张黄庭借钱，买下了附近一大片种不了粮食的荒地送给牙行的小孩们，李秘知道明朝时值小冰河时期，到了冬天就连广东都要下雪结冰，所以他买下那里。众人笑他痴傻，因为烧煤有毒烟，是要死人的。李秘不以为意，用自己的生活经验，制造各种工具，烧出不易中毒的木炭。同时他算了下时间，差不多也是土豆、玉米、辣椒这类东西传到中国的时间，于是让牙行的孩子们弄些回来，荒地种适合土豆这种东西。在这个过程中，他也顺便给孩子们建立正确的价值观。谢璎珞从小就是孤儿，被张家收养，看着李秘的所作所为，对他的态度也有了改变。

张家传来噩耗，张素问的父亲张诚孝暴毙。而凶手被怀疑是张诚孝的长子，张素问与张黄庭的大哥张杰庭。李秘跟随张黄庭、谢璎珞一起回张家，并结识了著名富商周钰璈。家主死后，家里各房分成了几家，意见各不相同。其中三老爷张诚顺力主严惩张杰庭，将其逐出家门，并坚决不承认张家参与抗倭事宜，俨然一副明奸嘴脸。李秘从中调查，果不其然，张诚孝貌似死于张诚顺之手，张杰庭也是被张诚顺嫁祸。然而另李秘没想到的是，就在张诚顺眼看就要伏诛之时，谢璎珞出手救了张诚顺，并承认自己其实一直都是张诚顺的线人，对李秘只有利用，没有感情。张杰庭接管张家后，被朝廷诏安，李秘则通过张家人介绍，结识了大明海军将领魏汉杰。但此行并不是要他投靠魏汉杰的，而是来救他的。

此时的魏汉杰正因为通倭之罪被收监待审，李秘最终破获了这个案子，洗脱了他的嫌疑，瓦解了倭寇的反间计。魏汉杰对李秘仍有戒心，认为此人言语行为太过古怪。随后李秘随魏汉杰出征追缴张诚顺和倭寇，一路上屡屡识破倭寇诡计，并且用端正的三观让魏汉杰对他的态度稍微改观。回程一行人因遭遇暴风海浪，漂流到一个海岛，在这里遇到戚胤当年的手下戚楚。戚楚率领手下因为戚胤当年死守海岛阻击倭寇的一句军令，苦守荒岛数十年。戚胤是魏汉杰的老上司，当年犯了军法被处决，而在这个过程中魏汉杰不仅一句话都没有帮戚胤申辩，反而做了切割，在戚胤死后坐享渔利。这让戚楚对魏汉杰恨之入骨。李秘不相信魏汉杰会做出这种事，力主调查多年前的这桩旧案，最终跨越时间的破案还了戚胤一个清白，并且让戚楚得知了魏汉杰当年那么做的苦衷和真相：戚胤让魏汉杰要与自己切割，以此来保存戚家军的力量。戚楚放下了仇恨，加入了魏汉杰的军队。魏汉杰也彻底被李秘折服，两人成了莫逆之交。

一路走来，李秘被明朝人的大义、坚守和爱国之心深深触动，一直以来他不论生活在那个时代都有国仇家恨，而他却只想着个人。李秘慢慢觉得自己能来到这个时代，也是天命。他想起再过不久就要发生日本侵略朝鲜的事情，他决心用自己的能力，帮助明朝用最少损失换取胜利。李秘对魏汉杰说了自己的真实身份。魏汉杰虽不敢相信，但还是决定帮助李秘。刚好此时青雀儿传回情报，让李秘去金州（东北）和他汇合，于是李秘带着戚楚等人动身。

等到了东北，青雀儿却失踪了，等待他的反而是被村民当做人质的周钰璈。这里的一个民间组织烈日会盛行，只要是会宗下的命令，他们毫无分辨的照单全收。更让李秘难过的是，他见到的却是青雀儿的尸体。青雀儿是李秘来到这个时代认识的第一个朋友，看着挚友因自己惨死，李秘下定决心，一定要彻底扳倒这个组织。然而随着对这个组织的深入了解，李秘越来越觉得不对劲。经过调查，李秘发现烈日会是倭寇在金州的组织，企图占据金州，而周钰璈正是这一切的后黑手。原来，李秘不是一个人来到明朝，那个追捕他的日本宪兵也跟着一起来了，甚至比他早两年到了这个时代，假扮成金州富商的周钰璈在幕后部署一切，毒死张诚孝并嫁祸给其家人，暗杀苏杭抗倭义士，重金收买锦衣卫及东厂高官，并且妄图复制先占蒙满的侵略思想，占领金州，阻断壬戌之乱爆发时大明调兵援朝，而李秘等人屡次破坏了他的计划。

在金州李秘遇见张成顺和谢璎珞，关键时刻张成顺舍命救下李秘，自己惨死，原来张家一直是民间抗倭先驱，大女儿张素问遇害后，张成顺受身中慢性毒药的张诚孝所托，让其子女与极度危险的抗倭事业隔开，哪怕背上骂名，只身潜入倭寇组织，屡次暗中给李秘提供情报，最后舍命救下李秘。

李秘孤注一掷，终于引得以为胜券在握的周钰璈露出了一丝破绽。李秘抓住机会，最终与周钰璈同归于尽。爆炸过后，李秘突然苏醒，发现自己回到了1936年，他从历史书上发现一切都没有改变，原来只是一场梦，却又如此真实。随后他义无反顾的加入抗联队伍，成为一名抗联战士。

抗战胜利后，李秘来到苏州，试图寻找梦里的起点，在一处海崖边赫然立着一块经历百年风霜的残碑，碑上刻满文字，李秘仔细辨认，发现碑上文字记载的是一位名叫谢璎珞的人对一位名叫李秘之人满满的思念。