蛮荒之乱（妖族内战），妖界陷入一片混乱，众妖纷纷逃往人间求生，渡妖师们一族在人间入口设下障碍阻止众妖前往人间扰乱秩序，众妖逃生心切和渡妖师们展开一场血战。这一战，渡妖师一族伤亡惨重，剩下的老弱病残只好退居嵯峨山休养生息。武唯一本是渡妖族族长之女，其父母在大战中身亡，留下收养的孤儿阿璃和武唯一相依为命。武唯一苦练本领，发誓要成为最强大的渡妖师，重振渡妖一族。阿璃由于资质平平，经常被武唯一取笑，其实他本是妖皇和人类女子所生之子，母亲在妖族内战中牺牲，阿璃也被委托给渡妖族抚养。阿璃自幼体弱多病，虽不善武力，但习得一手好医术，因此阿璃却被渡妖族长老们看好，纷纷想要促成武唯一和阿璃的婚事，这让武唯一苦恼不已。

山下频频发生人口失踪案，人心惶惶，武唯一得知，怀疑妖魔作祟，想要下山探究事情真相，然而却遭到族人反对。武唯一只好假借同意与阿璃的婚事，婚礼当晚，武唯一串通阿璃逃跑，就这样两人趁着夜色离开村子，从此开始踏上了漫漫除妖路。

武唯一随身携带的父母遗物百妖录可尽知天下妖魔的法力弱点，妖族太子流火为得到百妖录以此遏制渡妖族，假装成逃离妖物之手的受伤男子，以寻找盗取百妖录的机会。武唯一和阿璃在树林救下夜流火，夜流火谎称被逼逃婚的富商公子，请求与武唯一二人同行。武唯一发现夜流火与自己一样，也是为了逃婚而离开家园的人，两人惺惺相惜，于是答应了夜流火的请求。

三人下山，发现山下的人口失踪案乃狼妖作乱。夜晚，狼妖出来抓人，武唯一埋伏村中趁机降伏狼妖。原来狼妖与人类女子慕月相恋，然而人妖结合必然要承受一定代价。慕月身怀六甲，腹中妖胎日渐吸取慕月的精气作为养分，临盆之日，就是慕月命丧之时。为了拯救爱人，狼妖四处捕捉青年男子，以他们的精气炼药。夜流火本想出手阻止，武唯一却快速出手杀死狼妖，狼妖临死前说出失踪人口的下落，并请求武唯一帮助救治慕月。在狼妖的指引下武唯一找回失踪的人口，阿璃出手解救了中了妖毒镇民，镇民们大张旗鼓设宴感谢武唯一，看着善良的镇民们，武唯一更加坚定重振渡妖族帮助百姓们降妖除魔的决心。

为了完成狼妖最后的遗愿，武唯一三人找到慕月，发现此时她已奄奄一息。阿璃替她把脉检查后发现这种棘手的问题自己根本无法救治，武唯一只好拿出百妖录召出书灵阿宝，阿宝一番操作吸走胎儿的妖气，慕月最终才得以保命。而夜流火看到百妖录之际，心中也有了自己的一番盘算。

夜流火设计迷晕武唯一和阿璃，拿走百妖录，却没法开启渡妖录，只好返回想办法继续跟着武唯一以获取开启百妖录的办法。这时，武家世交铸剑山庄来信少庄主韦陀被妖物所迷，武唯一只好和阿璃前往铸剑山庄解救韦陀，而夜流火以报恩为名赖上武唯一。

就此，三人结伴而行，一同前往铸剑山庄除妖。一路上，夜流火与武唯一打打闹闹，两人的日渐亲昵让阿璃倍感失落。妖族暗卫趁机与夜流火联络，告诉夜流火，妖皇下令尽快找出打开百妖录的方法，然后将武唯一及渡妖族斩尽杀绝。夜流火想到近日与武唯一的相处，两人已渐生情愫，于是告诉暗卫自己会想办法，但前提是谁都不能擅自对武唯一下手。

沿途，三人遇见村民用少女祭祀河神，武唯一出手救下少女，惹得河神发怒河水暴涨，村民把这一切归咎到破坏祭祀的三人身上，众人决议再次祭祀河神。武唯一怀疑河神为妖魔假扮，为探究真相，决定以自己为诱饵祭祀河神。阿璃担心武唯一会在祭祀时遭遇危险，于是提出自己假扮少女新娘。祭祀当天，武唯一设计谋引出河神，发现所谓河神竟是条黑鱼精，在流火和阿璃的帮助下降服妖怪，平息了这场河神之乱。

三人路过某镇，镇上的很多人得了怪病，官府怀疑镇上兴起了瘟疫，准备下令屠城。懂得医术的阿璃发现众人脉络正常并无大病，觉得此事并非寻常疫病这么简单，武唯一也隐约嗅到城中弥漫着一股瘴气。为避免生灵涂炭，三人决定揪出镇上怪病的原因再走。三人发现小镇大多人家靠制作贩卖毛皮为生，出现怪病的大都是这些人家，三人觉得此事和皮毛有关，查探后发现一切都源于城中最大的毛皮商。三人找到皮毛商，发现此人早已被妖物控制，生不如死。武唯一出手杀死妖物，妖物临死之际道出复仇害人真相。小镇怪病一夜全好，众人纷纷烧掉家中皮草，三人继续上路赶往铸剑山庄。

这一路，三人遇见了各种妖精，见证了妖与人之间不同的恩怨情仇，而武唯一与夜流火也在朝夕相处中产生感情，一直爱慕武唯一的阿璃夹杂在其中痛苦不已，然而他还是选择默默成全武唯一与夜流火。夜流火也屡次阻止妖族想要夺得百妖录而对武唯一二人出手。

铸剑山庄，少庄主韦陀过度沉溺于养昙花，日渐消瘦。庄主怀疑韦陀染上了妖物，便写信求助故人的女儿武唯一。武唯一三人抵达山庄，发现山庄并未异常，只是韦陀确是病入膏肓，夜流火用占卜术算出韦陀阳寿已尽，觉得非常奇怪。庄主一心认为韦陀之病是昙花所害，准备烧毁昙花，却被韦陀拼死相互，人们非常不理解韦陀与昙花的感情。夜晚，武唯一撞见昙花化成人形为韦陀续命，以为花妖索命出手伤了花妖，情急时刻韦陀再次舍命护住昙花。在武唯一的追问下，昙花道出一端与韦陀前世凄美爱情。韦陀生命垂危，昙花决定舍命救韦陀，武唯一看到人妖真情，心中对妖看法有所动摇。铸剑山庄之事解救，武唯一再次打算回到族里。谁知妖族却在此时对铸剑山庄进行屠杀，原来妖皇等不到夜流火找到解开百妖录的办法，提前对武唯一动手。武唯一和韦陀奋起反抗，眼看武唯一不敌众妖，阿璃挺身而出护在武唯一身前，眼看阿璃与武唯一就要惨死于妖族之手。这时，夜流火突然变出真身击退众妖，得知心生爱慕的夜流火原来死敌妖族，武唯一百感交集，只能眼睁睁看着夜流火抢走百妖录后与其他众妖离去。她不知道，夜流火所做也正是为了保护武唯一，因为只有武唯一的族长血脉才能开启百妖录。冥冥之中，一切好像是有人将他们推向妖族的一场巨大阴谋中，而阿璃在铸剑山庄的露面也引起了一些妖族的注意，一场揭开这场阴谋的大战即将展开。