唐贞观年间，皇后怀孕十月卧床不起，太医令束手无策，皇帝大怒，限十日之内治不好皇后的病，便提头来见。又昭告天下，寻民间神医，重重有赏。一旁的大臣魏征与王公公向皇上推荐了一位隐居山林的神医，皇上命：剑锋和花月暗寻孙神医。宠妃派亲信小春子也日夜兼程寻找名医，实际是设法阻拦。客栈里面的孙掌柜一家正在吃饭，从集市回来的李大个，看到病重的小春子，赶紧帮其救治。孙掌柜根据小春子的症状，诊断出了小春子所患疾病，开了一剂麻黄汤，对小春子进行救治。救治过程中发现小春子所穿的衣物很古怪，孙掌柜心中有些怀疑。果然小春子图谋不轨，刚刚病愈，便在卧房里四处搜寻东西，一对黑衣人阻止了小春子。孙掌柜问小春子此行目的，小春子竟只说是商客路过此地，孙掌柜顿生疑虑！

原来，这位神秘人正在四处寻找医学奇书《十常诀》。小春子听命神秘人，重新前往寻找奇书，而《十常决》重现江湖的消息不胫而走，江湖术士开始招摇撞骗卖起假的《十常决》。皇帝不断的给太医令施压，而太医令时刻担心头不保。派遣的大内密探住进杏林客栈，试图探听孙掌柜的底细。小春子正欲进屋搜寻秘籍，情急之下，小春子在两人喝的水中下毒，两人中毒昏迷，孙掌柜在熬制解毒汤药的时候无意间透露了十常决的信息，小春子偷听到后大喜过望，趁机溜进屋内寻找，小春子刚刚发现屋内暗格，却被莲儿发现，惊慌中的小春子从窗户逃走，追击未随的李大个发现了贴身腰牌，才知道小春子真是宫里人！孙掌柜治好了两大密探的病，却也深刻的认识到即将面临的危险和争斗。密探十分感激孙掌柜，也越发感觉到孙掌柜医术超群，担忧另外一股神秘势力正欲抢夺十常决！时间一天天的过去，皇后的病迟迟不见好转，太医令回想起当年师傅偷偷给师哥传授医术，自己却只能在外面偷听的境地，内心顿生恨意！神秘人又找到了令人闻风丧胆的终极杀手欧阳血，恐怖至极！两位密探正想从侧面打听孙掌柜的情况，确认是否真是神医，欧阳血已经杀到，此人在客栈之外，以邪恶笑声直呼孙十常大名，威胁其交出秘籍，否则格杀勿论！孙掌柜好奇，李大个率先出击，奈何此杀手招式奇特而阴毒，李大个眼看顶不住压力！这时再一边观察的密探已经确认孙掌柜就是孙十常——神医孙思邈，果断出手相救，正在僵持之时，孙掌柜看情势危急，手一抖，露出银针，杀手顿觉不妙，大吼一声:卑鄙无耻！嗖的一声逃窜！众人暂时安全，李大个便问师傅:原来您也会武功！孙掌柜痛心的说到:我本是行医救人，如今却用在江湖杀戮之上，真是无奈至极！

这边，密探终于找到了孙十常，火速回宫内，并告知神秘力量欲从孙十常手中抢夺一本武功秘籍！王公公苦思许久，命令密探即可返回想办法带孙十常进宫！孙掌柜正在治病救人，差遣李大个带着药方出门，迟迟没有归来。这一次，密探返回客栈，亮出大内密探的腰牌，劝说孙十常进宫给皇后看病，孙掌柜回想起自己的师傅老太医令被皇帝满门抄斩，自己也被驱逐，永远不得踏进长安城的那一幕，他告诉剑锋和花月，自己永远不会重新进宫的。

孙掌柜终于坐不住了，他不想踏进江湖纷争，而坏人却总是步步紧逼，如今他不能再坐以待毙！他开始与剑锋,花月,客栈中人一并商议如何解救李大个！午时已到，孙掌柜独自一人赴约，其余人埋伏在各处伺机而动，邪恶的笑声再次传来！眼看十常决就要到欧阳血手中！此时机智的孙掌柜巧施秒计，利用假十常决书中藏暗器的手段独自与欧阳血周旋，其他人趁机解救李大个！经过一番战斗，最后时刻，剑锋和花月解救出李大个！被玩耍的杀手欧阳血被彻底激怒，试要找回尊严！神秘人屡次抢书失败，正在酝酿着更大的阴谋！这边，奋力帮忙解救李大个的剑锋和花月得到了孙掌柜的信任，劝说孙掌柜进宫救治皇后，孙掌柜一心想隐居山林，悬壶济世，但是这次皇后病症不治，这场厮杀就永远不会结束，他终于下定决心，进宫救治皇后。

四人战战兢兢上路，一路却毫无风波，眼看就要进长安城，四人以为一切顺利，便在一处看似简陋的客栈住下。一进客栈，整个大厅竟然只有五个客桌，摆在四周，五桌有四桌客已满。中间部位是火炉，四人正欲落座空桌吃饭，孙掌柜疑心又起，始终没有落座，只要求店小二将吃的直接送到客房。黑衣人在楼上观察，自己设计的五行阵法，没有奏效。夜间，孙掌柜在床上一个人沉思，突然间一个飞镖射进，从他身边擦过，好险。他大喊，剑锋，花月，和李大个当即赶到，三人追上屋顶，黑衣人向闪电一样飞来飞去，三人合力也扑捉不到任何踪影，孙掌柜根据黑衣人行走的诡计，结合医学五行的规律，巧妙的判断到黑影人的诡计，指挥三人在屋顶合力战胜黑衣人。

小春子仍然在暗中观察。幸亏他利用自己的中医五行知识，大破五行阵法，最后，王公公增援及时敢到，一行四人虎口脱险，踏进长安城。孙十常一行人进宫后尚未面圣，太医令就状告皇上，指出孙十常就是当年医死皇子的帮凶，并让小春子当朝作证，小春子添油加醋。皇帝大怒，将孙十常一行人直接压进天牢。天牢候审期间，神秘人踏进天牢，一番叫嚣之后，神秘人翻开斗篷，原来正是太医令，当年正是他嫉妒老太医令不传他精湛医术，设计陷害老太医令，将老太医令医治皇子的药方中多加了一位药，导致皇子被医死，如今他竟然成了太医令。多年恩怨终真相大白。王公公费劲唇舌为皇帝献策，让孙十常与太医令当朝斗医，取胜的一方才能为皇后治病。皇帝见皇后病重，也只好孤注一掷。

朝廷斗医，孙十常先胜一局，太医令私下派人抓住了老太医令的女儿莲儿要挟孙十常，第二局，孙十常无奈惜败。看出不妙的王公公终止比赛，最终一局明日再斗。暗地里王公公明察秋毫，抓住了太医令作恶的关键人物小春子，从小春子嘴里，得知了太医令所有的作恶证据，此时双方各手握人质，第二日的终极比赛再次回到公平对决。

太医令与孙十常进行到最后的终极决战，幕后却派遣终极杀手试图杀死小春子来掩盖恶行，王公公早知太医令有次阴招，设下埋伏，一举抓住神秘杀手。神秘杀手被抓，剑锋和花月便趁机救出莲儿。朝廷内，孙十常斗医终获胜，证明自己！皇帝命孙十常给皇后看病！

孙十常医术超群，皇后大病终愈，王公公将小春子，莲儿一并带上朝廷，众人共同揭发太医令当年和如今所犯下的种种罪行，原来王公公是当年老太医令的执交，他多年也一心想着为老友洗冤。最终，多年冤案沉冤得雪！孙十常将十常决公诸于世！