明朝洪武年间，为巩固皇权，裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改制为锦衣卫，又秘设三科，即刑卫、典卫、秘卫，分别有着杀佞斩逆之权，明刑正典之权，监察百官之权。

这三科等级分明，互相配合，令人闻风丧胆，满朝文武，一提及此，无不谈之变色。

刑，杀伐，赐，四兽麒麟服，配绣春刀。

典，诏狱，赐，祥云飞鱼服，配御龙棍。

秘，情报，赐，织锦斗牛服，配青鸾剑。

三科之首，均为锦衣卫副指挥使，各司其职，皆听命于锦衣卫指挥使，如此常态，直至万历年间，而故事，也就从此说起……

雨夜，大厦将倾，锦衣卫指挥使刘守雍（化名，原型刘守有）催促着手下销毁锦衣卫一些秘档。

与此同时，奉皇权而来的东厂长公率番子赶来，为的，就是他手中的一副千古绝唱的传世之宝《清明上河图》。

刘守雍深知，画在人存，画失人亡的结局，厂公白辰（化名，原型张诚）一直觊觎清明上河图已久，借皇权徇私枉法，栽赃自己，为了不使画落入白辰之手，将画卷交给了三名自己最信任的手下，送往嵩山少林寺。

白辰连夜逮捕刘守雍，却没找到清明上河图，在严刑逼供下，终于有人交代了画卷的下落，于是，白辰派手下得力悍将刀十四，带着数十番子前去追杀。

叶雨萧、云敬臣、罗珏三人本是分别是刑、典、秘三科的千户。

三人乔装打扮，一路来到一个镇子，却刚好发现追奔而来的衙役，带着海捕公文，而通缉令上的画像正是三人，如今已成了朝廷钦犯。

叶雨萧一心想要建功立业，终有一天，穿着蟒袍玉带，挎着绣春刀侍奉皇帝左右，如今却沦为逃犯，如此大的逆差让他无法适应，于是，他和云、叶二人表明，他们三个不过是刘守雍的保命棋子，如今刘守雍都倒了，他们何必断送自己的前途，不如献出画卷，主动投案，还能保全性命，说不定还能戴罪立功。

但云为人耿直善良，坚决不同意，三人自幼被刘守雍养大，不应如此忘恩负义，罗是一个优柔寡断之人，在叶和云争执中，始终和稀泥，自己也不知道该如何是好，而他们的争吵，恰被店小二听到，于是去官府告发，引来官差围捕。

三人奋力抵抗，云不肯伤人，也为后续留下了伏笔。

突围后，三人趁夜色赶赴少林，疲惫不堪的在一处破庙休息，叶左思右想，最终决定背叛，想偷走画卷，却发现云抱着画卷在睡觉，而几番试探，罗的画卷也无法拿到手，只能作罢。

清晨，天未亮，三人继续赶路，叶却一路留下记号，让刀十四和东厂番子沿路追来，双方再一条河畔口处大战，刀十四带的东厂番子皆是武功高强的精锐，三人渐渐不敌，随后被冲散，云在奋力抵抗时，却是没注意被叶背后偷袭，负伤跳入河中，逃得一命。

随后，罗被捕，而叶则是直接降了。

身负重伤的云被一个少女铃铛救了下来，在少女的悉心照料下，云的伤势恢复的很快，过起了农耕隐居的生活。

与此同时……

白辰得到了清明上河图的两卷，却发现是两卷假图，真图在云的手里，叶主动献媚，让他不仅没有杀叶，反而将他提升为了锦衣卫镇抚使，并让叶与刀十四带着番子，驻在少林寺下，等待云自投罗网。

但一个月过去了，云始终没有消息，白辰也有些不耐烦了，叶为了能够在新的主子面前表现好，一咬牙，使了一条毒计。

罗虽是一个优柔寡断之人，却不是忘恩负义之人，而叶更不想让他与自己共富贵，于是，将他严刑拷打，手足相残，并放出消息，七日之后，以逆臣之罪，诛杀与少林山下。

云此时和铃铛两情相悦，和善良的村民也十分融洽，本想放弃荣华富贵，从此过上幽深世外的隐居生活，并在一群人的撮合下，和铃铛办了大婚。

大婚之日的前一天，有人从少林烧香归来，说是那里有好些官兵，还说有人要被砍头，这让云极为震惊，随后一打听，得知了罗要被杀的消息。

在爱情和友情之间，云十分纠结，而就在大婚当天，云留下了一封书信，以及自己的锦衣卫腰牌，带着御龙棍赶赴少林寺山下……

此时，少林寺上下，东厂番子已经布下天罗地网，叶和刀十四坐镇中间，距离罗被砍的时间越来近，就在临近午时，云带着清明上河图的最后一卷赶到了少林寺。

在叶的劝降下，云没有选择答应，于是，大战一触即发，云的棍法卓然，却不伤人，只想救人，一群番子也感激他手下留情，因此，一直周旋而无结果，这时，刀十四下场，与云大战。

刀十四不敌，叶最终和云决一生死，但在决战之前，却希望云能交出清明上河图，为白辰公公效力，保他富贵荣华。

云此时已看淡名利，只希望叶能念在他们三个人往日兄弟之情，放过罗一马，但叶拒绝了。

叶的武功高过云，出手狠辣，招招致命，一直逼迫云能束手就擒，但云每次都能死里逃生，最终，二人战至悬崖峭壁，打到了达摩祖师闭关之地，在墙壁上看到了达摩棍法，最终，将叶击败。

叶以罗的性命为要挟，逼云将清明上河图交出来，最终，云为了保全罗的性命，交出了图，就在叶狂喜不已时，却被刀十四背后捅伤。

叶从头至尾，不过是他们利用的筹码，叶幡然醒悟，趁其不备，放走了罗，三人联手抗衡，但你最终叶死，临死之前，拦住番子，救下了云和罗，而他则是死在了少林寺山下。

终焉……

刀十四以为清明上河图已到手，没有再去追杀，而是回去复命，才得知拿到的是假图，白辰迫不得已，留了刘守雍一命……

实际上，真图早在一个月前，就已经被云给替换掉了，而那幅真图，则被他藏于少林，至此……

罗将自己的锦衣卫腰牌与叶一同葬下，放弃了锦衣卫的身份，而云终和铃铛完婚，就此浪迹江湖，故事完。