隋朝末年，李靖遵从父命拜王仁恭帐下担任山西马邑郡丞，时值边境盗贼肆虐，突厥人挑衅不断常举兵来犯，于是大量难民涌入晋阳。面对内忧外患，负责戍边的晋阳留守李渊让王仁恭举荐人才，李靖就在这样的契机之下，与恋人红拂女一同赶赴晋阳。

恰逢山西大旱，晋阳县令刘文静开仓赈济灾民，百姓听闻戍边有功的李渊将亲自主持求雨祭典，便纷纷赶来敬仰将领风采。不料祭典刚开始，官方队伍就意外遇刺，李靖和红拂女在纷乱中救出了“李渊”，却发现是陵兰小主假扮。陵兰受惊负伤，薛护卫自觉护主不力要自刎赎罪，陵兰怜其憨厚忠诚便收为己用，红拂女却发现薛护卫似曾相识。刘文静派人抓捕刺客，李靖建议为了稳定民心，陵兰同意求雨祭典照常进行。

李靖刚到晋阳就表现出过人的见识，刘文静很是欣赏，又因刘家先祖和红拂女之母沈家为江南故交，故而李靖和红拂女暂住刘家便得到很好的安排和照顾。可是当夜，有蒙面人突然闯入刘县令家，李靖受到袭击，红拂女为救李靖与刺客对决，刺客见势不妙，趁机逃走，并甩出暗镖扬言要与李靖一较高下。红拂女冲出刘家追赶蒙面人，蒙面人消失无踪，红拂女却遭到突厥狼卫的包围，紧要关头薛护卫赶来帮红拂女助力，俩人奋力突出重围，红拂女终于认出薛护卫就是她幼年逃难时的患难之交。

刘文静告知李靖，因李渊事先得到突厥人要行刺他的情报，于是陵兰小主便主动请缨要抓捕刺客。面对神出鬼没，行动不可预知的突厥人，李靖深知此事非同小可，必须尽快缉拿刺客，否则将危及晋阳安定。李靖亮出计策与刘文静进行密谈后，便开始着手部署他的计划，并决定在有限的时间内诱捕突厥刺客。

晋阳坊间因灾民饿死，盗贼趁虚作乱的案件层出不穷，李靖表面假借查案的身份打掩护，暗地里却追查突厥刺客的线索。不料在案发现场，李靖遇见一位自称是“晋阳神探”的年轻小官在他面前颐指气使并指手划脚，李靖不买小官的账。小官见说不过李靖，竟动手突袭，李靖将其制服，小官原形毕现，露出女子真容。李靖手下扼住其首命小官下跪，小官顽劣不从，红拂女及时赶来说明真相，原来小官正是陵兰。

获释后的陵兰恼羞成怒，对李靖的手下一番拳打脚踢，薛护卫挣脱陵兰的捉弄后赶来救援，不料陵兰却命令薛护卫教训红拂女为主子争回失去的面子。薛护卫无奈之下便与红拂女过招，红拂女念旧情让着薛护卫，没想到薛护卫护主心切却出手凶狠，最终李靖出面解围，事态才得以平息，陵兰玩够之后便扬长而去。原来此前，陵兰早就对刘文静要面试的人才李靖带有偏见，没想到自己想立功却被李靖抢了风头，在刘家夜袭挑衅李靖不成又败在红拂女手下，陵兰便摆出尊贵的身份含沙射影羞辱红拂女，并撂下狠话天底下只有陵兰小主才配得上李靖。

李靖根据追查到的线索，发现突厥刺客不仅是群体作战的特点，还具有《孙子兵法》中的套路，之前刘文静一直在担心闯入晋阳的突厥刺客究竟是多少人，李靖说出这是四个人的小分队，这结论出乎刘文静的意料。李靖决定将计就计并故意在坊间放出风声，借此诱捕突厥四狼卫上当。不料如此周密的计划却中途夭折，李靖思前想后总觉得哪里不对劲。陵兰为了给红拂女下马威，便故意约李靖见面，薛护卫在陵兰的安排下通知红拂女赶来，却见到陵兰故意给红拂女制造的情感误会，红拂女拂袖离去。

眼看城内民心不稳，刘文静很担心各方涌来的彪悍难民会被隐藏起来的突厥刺客煽动而闹事，李靖便写加急书信一封，请求舅舅韩擒虎让其同僚拨粮救济。此秘密情报传到突厥四狼卫的耳朵里，队长疾风觉得这是破坏戍边将领后方的大好机会。调送的粮草缓缓进入晋阳城，突厥狼卫放火烧了粮草，当他们放声大笑时，却发现马车上竟是干枯的树枝，李靖带兵从斜刺包围了四狼卫，双方一场鏖战。谁知刘文静却带来一个坏消息，陵兰小主被人劫持，绑架陵兰的人留下话，让李靖放了突厥四狼卫，否则就杀了陵兰。然而，四狼卫队长疾风却已战死，正当李靖眉头紧锁时，红拂女却突然出现在李靖的面前。原来红拂女消失那几天，她已借机探明之前对李靖的误解实乃陵兰设的局，红拂女因此原谅了李靖。

李靖带领着突厥“四狼卫”与绑架陵兰的人交换人质，令红拂女感到意外的是，绑架陵兰的人竟是薛护卫，老实巴交的他竟出现截然相反的面孔，红拂女感到出奇的陌生，而李靖却早就对薛护卫有所怀疑，因为薛护卫这个内奸，之前李靖和红拂女的一系列行动才会泄露。众人恍然大悟，薛护卫才是突厥刺客的统领，他一直作为“军情隐蔽”潜伏在晋阳。双方交换人质后，突厥“四狼卫”中有人刺向薛护卫，原来那个人是红拂女所扮。最终，在李靖和红拂女的合力之下，突厥狼卫们被一网打尽，陵兰刺死了薛护卫，并被李靖的神机妙算所折服，甘拜李靖为师，并扬言要向二哥举荐李靖。

李靖平定了晋阳，救济的粮草也按李靖策划的路线及时送来。天空下起了大雨，百姓欢呼雀跃。当李靖和红拂女作别刘文静时，陵兰却带来了边关军情紧急的消息，红拂女认为平天下、救百姓，两军交战不能没有李靖。望着边塞燃起滚滚的报警烽火狼烟，李靖和红拂女决定赶赴前线。