故事发生在一个架空的时代。孝陵卫看似只是一群普通的守墓人。实际上，他们看守的是孝陵内关押的邪恶势力。这些邪恶势力自古就存在，他们有着强大的力量，并且以毁灭人类为目标。

近日，孝陵内出现异动，陵内邪恶势力之一的“俾掮”外逃，孝陵卫指挥使陆子渊率人追踪失败，因此埋下祸根。

一日，衙兵卫在调查刘家村村民伤人事件时，遇不明袭击，损伤过半。这时主人公陆亦轩所在的孝陵卫甲字小队及时赶到，救下衙兵卫众人。但小队里的陆亦轩和司马隆因年轻气盛、意见不合而导致被救下的衙兵卫遇难，回到孝陵，陆亦轩作为小队队长被罚去玄门闭门思过。陆亦轩对此并不服气，不仅没有老实思过，还偷偷与郭丹鹤、牛德皋逃去金陵玩乐。可是陆亦轩不知道，“俾掮”已经在金陵布下陷阱。

陆亦轩一行人来到金陵，碰到了皇帝钦赐姻缘的郡主景云。陆亦轩不喜欢女扮男装的景云，目光却被台上的小瀛仙吸引。小瀛仙正是“俾掮”派出杀陆亦轩的杀手，因为认出陆亦轩是自己多年前的救命恩人，小瀛仙下不了手。

一心想要出人头地的司马隆向陆子渊告发陆亦轩逃跑。陆子渊正因金陵等地“俾掮”横行的奏报烦心，又看到这些不成器的新一代孝陵卫，担心他们难堪大任。

小瀛仙和陆亦轩生出情愫。她将“俾掮”的秘密全盘告知陆亦轩。“俾掮”控制金陵城百姓攻击无辜，然后吸取元气积攒力量，但“俾掮”完全复生的最后一步需要陆亦轩的元气。此时，司马隆为抓陆亦轩赶到金陵。大敌当前，甲字小队再次并肩作战。但陆亦轩一意孤行指挥大家保护小瀛仙。但分队成员意见不合，因此屡屡陷入险境并造成百姓伤亡，让“俾掮”的力量进一步加强。也因此，小瀛仙再次被“俾掮”控制而重伤郭丹鹤。司马隆等对陆亦轩非常不满，怪陆亦轩保护“俾掮”的帮凶，而置百姓于不顾。陆亦轩知道自己酿下大祸，想凭一己之力弥补过失。于是他与大家决裂。自己留在了戏院。

陆亦轩根据小赢仙的线索，发现了戏园的秘密——天坑。甲字小队其他人遇到了赶来的孝陵卫，也得知了“俾掮”的阴谋，并且推测出陆亦轩要以身犯险。于是急忙赶回戏院。

陆子渊为了天下苍生不惜牺牲自己侄子。得知真相的甲字小队不愿放弃陆亦轩。他们一路追进天坑。而此时陆亦轩刚刚在天坑一层中救下小瀛仙。正被大量敌人追击。大家及时赶到，击退“俾掮”，也因此坠入天坑二层。

在天坑二层，甲字分队感受到了前所未有的危机——这次真的只能靠自己了。为了摆脱“俾掮”的控制、拯救景云、不拖累陆亦轩，小瀛仙选择自尽。陆亦轩在经历这一切之后，意识到自己的幼稚，也明白了自己的责任与担当。他安排功力最高的司马隆保护景云冲出天坑。自己则和其他人则继续深入天坑三层。

司马隆救出景云，面对汝王的盛赞邀请，一直热衷于求取功名的司马隆却选择冒险进入孝陵内，寻找战“俾掮”的方法。

而在天坑三层中，陆亦轩看着“俾掮”残害的百姓，更坚定了要斩杀“俾掮”的决心。他们一路找到俾掮“元气”所在，可是却只能眼看着它不断壮大无计可施。此时金陵已生灵涂炭，陆亦轩明白了叔父的选择。他暗暗下定决心，为了天下苍生、为了队友们，他宁可牺牲自己也要重新封印“俾掮”。

司马隆赶到孝陵，发现了“俾掮”已完全逃出枷锁。“俾掮”本体将他带到陆亦轩一行人面前，用司马隆性命做威胁要陆亦轩交出元气。陆亦轩想自己孤身赴死，谁知甲字小分队都冲了上来。

孝陵卫甲字分队与“俾掮”展开殊死对决。

这一次他们比任何时候都更团结，展示出完美的配合。“俾掮”虽然强大，也被他们打得措手不及。一直胆小的牛德皋在最后时刻爆发出强大的勇气，他舍命为陆亦轩创造时间，陆亦轩找准时机，祭出自己的元气封印“俾掮”。“俾掮”的本体被再次压制，之树也随风消散，金陵被拯救。只有陆亦轩因为将自己的元神祭出而沉睡不醒。

深山中，陆亦轩和小瀛仙约定的旧木桥边开满了红药。